Des équipes de recherche du Pérou et d’Argentine ont démontré que les otaries à fourrure (Otaria flavescens) ont été infectées par l’IAHP (H5N1) sur les côtes péruviennes et ont développé une maladie mortelle, produisant une mortalité massive dans plusieurs régions littorales du Pérou. La mortalité massive des lions de mer décrite est compatible avec les effest des influenza virus , ayant entraîné une encéphalite aiguë et une pneumonie. Quelques cas particuliers d’infection et de mortalité des mammifères marins dues au virus de l’influenza aviaire avec des symptômes cliniques et caractéristiques anatomopathologiques ont été rapportées dans des études antérieures dans plusieurs régions du globe . Par exemple, 1 400 phoques communs (Phoca vitulina) morts ont été retrouvés morts en Allemagne seule avec des lésions de pneumonie. De même, aux États-Unis, des mortalités de phoques ont été signalées avec pneumonie et symptômes neurologiques dus au H5N1.
La source de l’IAHP affectant ces pinnipèdes était très probablement le grand nombre d’oiseaux marins /carcasses infectés sur la côte péruvienne. Les lions de mer peuvent être infectés par contact étroit avec ces carcasses et même par leur consommation mais la voie principale de transmission reste inconnue jusqu’à présent.
Cette infection a été retrouvée également chez les dauphins communs et les manchots, associée aussi à des pics de mortalité.